汽车合格证上牌照后不会退还的。
合格证是汽车另一个重要的凭证，也是汽车上户时必备的证件。只有具有合格证的汽车才符合国家对机动车装备质量及有关标准的要求。汽车入户的资料会放在车管所备案。汽车入户需要的资料有：
1．机动车登记表和数据采集表。
2．车主证明（单位证明或居民身份证、户口簿正本及复印件）；
3．车辆检测单。
4．附加费缴费凭证及收据复印件。
5．车辆出厂合格证及购车发票（购车发票需包括如下内容：组织机构代码证号、身份证号、车型、厂牌型号、产地、合格证号、发动机号、车架号、价格、销货单位名称、地址、电话、识别号、开户银行帐号，并加盖当地工商部门验证章）。