土地纠纷的实质是土地权属纠纷，即是指对土地所有权和使用权的争议。它包括农地、山地、草原、水域等因所有权、使用权受到侵害而引起的争执。权属纠纷发生的原因很多，主要是由于地界不清、土地权属紊乱、政策和体制的变更，以及其他历史遗留问题等。
(1)土改、合作化时留下来的土地权属未定，地界无明显的标志或土地证上规定得不够明确。
(2)公社化时期体制调整，新划地界不清或调整不合理，协议书订得不明确。
(3)因过去无偿占有或平调而变动的土地。
(4)因历年集体搞水利建设、平整土地造成地界变更，土地原有状况或新队之间归并，原有田界铲除，无原始记载，现在恢复乡村原建制无历史依据可查考的土地。
(5)因行政区划变更，原社队之间、社队与国有土地之间因插花地互越地界以致地界不清的土地。
(6)因移民开荒，侵占他队的荒山、荒坡、荒地和原权属不清的公共土地。
(7)因其他各种历史原因遗留下来的土地瓜葛问题。
(8)因土地的征用、承包等引起的所有权和使用权的变更而产生的权属争议等。
(9)乡镇集体企业建设用地，由于过去没有具体规定，需要重新给予核定。