（一）农村土地征收补偿费用的性质和归属法律规定不明确。
承包地之外的农村集体土地被征用，征收方向农村集体经济组织支付地上附着物和青苗费补偿费、安置补助费，其归属法律、法规没有明确规定。由于农村土地权属的立法界定不清，大量的补偿费无法为农民所掌握，严重损害了农民的利益。
（二）国家农村土地征收补偿标准不合理。
我国《土地管理法》规定的征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。
（三）补偿程序不完善，司法救济难到位。
补偿过程中虽有公告和听证的规定，但缺乏农民实际参与听证的保障渠道。法律规定征地补偿方案由市、县人民政府土地行政主管部门会同有关部门制定，补偿方案制定后才公告告知农民，对农民提出的意见只在确需修改的情况下才改动补偿方案，极大地限制了农民的参与权。另外，发生纠纷后，法院往往以征地补偿案件不属于民事案件为由不予受理，司法保护不能实现。