1、股权交易合同签订前程序性风险分析与防范
有限公司股东向股东以外的人交易股权，合同的订立应遵守《公司法》程序上的要求。有限公司的股东向股东以外的人交易其出资时，必须经全体股东过半数同意;不同意交易的股东应当购买该交易的出资，如果不购买该交易的出资，视为同意交易,经股东同意交易的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。未经上述程序而签订的股权交易合同会因程序的瑕疵被认定为无效或撤销。因此建议购买方在购买目标公司的股份时应当要求目标公司召开股东会，做出同意出让方股东出卖其股份的《股东会决议》。
2、股权交易合同签订后股东人数限制风险
股东交易其全部或部分出资后，公司的股东数额要符合《公司法》的要求。《公司法》规定有限公司股东人数为二个以上五十个以下，股份公司股东人数应为五人以上，也就是说，有限公司股东人数不得突破二个的下限或五十个的上限，股份公司股东人数不得少于五个这是公司设立的条件，也应为公司存续的条件，股东交易股权不得导致股东人数出现违反法律规定的结果。
3、股权交易合同履行风险的防范
股权交易合同的履行，交易方的主要义务是向受让方移交股权，具体体现为将股权交易的事实及请求公司办理变更登记手续的意思正式以书面方式通知公司的行为。而受让方的主要义务则是按照约定向交易方支付交易款。根据《公司法》第三十六条和第一百四十五条的规定，将股权交易结果记载于股东名册、公司章程修改、变更工商登记等事项是公司的义务。在合同履行中可能面临目标公司怠于或拒绝履行义务使受让方不能正常取得股东身份或行使股东权利，同时目标公司的其他股东或董事也可能不尽配合、协助的义务。公司未及时履行义务的，受让人可以公司，公司应承担相应的责任，但公司没有义务去监督或判定交易合同约定的其他义务的履行情况。因此在签订股权交易合同前在对目标公司进行调查时受让方应与目标公司的其他股东以及董事、公司管理层进行较为充分的沟通，为自己行使股东权利做出一个前期的基础。
4、公司负债的风险分析与防范
在股权交易合同中，受让方最关心的应该是目标公司的负债问题。负债应包括出让股东故意隐瞒的对外负债和或有负债。或有负债包括受让前，目标公司正在进行的诉讼的潜在赔偿，或因过去侵犯商标或专利权、劣质产品对客户造成伤害等未来可能发生的损害赔偿，这些均不是股权出让方故意不揭示或自己也不清楚的负债。
因此，在风险分担的商议中，受让方所争取的是与出让方划清责任，要求在正式交割前的所有负债，不管是故意还是过失，均由出让方承担。但是要注意到，股权的转移并不影响到债权人追索的对象，受让方在成为目标公司股东后，仍然需要清偿该债务，在根据股权交易合同向出让方追偿。
5、其他关于股权交易的法律强制性规定
股权交易合同签订不得违反法律、法规、政策或公司章程关于交易时间、交易主体、受让主体的限制性规定《公司法》规定。如：股份公司发起人持有的本公司股份自公司成立之日起三年内不得交易;公司董事、监事、经理持有的本公司股份在任职期间内不得交易其持有的公司的股份;法律、法规、政策规定不得从事营利性活动的主体，不得受让公司股权成为公司股东，例如各级国家机关的领导;法律、法规对交易主体权利能力有禁止性规定的，这类主体不得违反规定订立股权交易合同，例如，股东不得向公司自身交易股权，但《公司法》规定股份公司为减少资本而注销公司股份和与持有本公司股份的公司兼并这两种情形例外。在股权交易活动中违反这些法律强制性规定，将会导致股权交易合同无效。